De behandeling van Herpes encephalitis dient altijd te worden overlegd met arts-microbioloog en/of internist-infectioloog.

Voor de diagnostiek naar herpes encephalitis dient liquor onderzoek op HSV PCR te worden aangevraagd. Serologisch onderzoek naar herpesantistoffen in een liquor en serumpaar heeft alleen zin wanneer het ziektebeeld langer dan een week bestaat. De liquor en het serum dienen dan op dezelfde dag te worden afgenomen, hiervoor is het noodzakelijk om naast de aanvraag voor het liquormonster, tevens opdracht te geven voor afname van het serummonster.